Son père, Joseph Bert, était clerc d'avoué à Auxerre, conseiller en préfecture puis conseiller honoraire. Il fut conseiller municipal de 1831 à 1848. Sa mère, Henriette Massy, s'intéresse à la nature et aux arts. Elle meurt en 1847, lorsque Paul est adolescent. Son frère aîné meurt à 23 ans d'une phtisie galopante, en 1845.
Marié à Joséphine Clayton, d'origine écossaise et anglicane, en 1865. Elle le soutiendra toujours et traduira ses ouvrages en anglais. Ils ont trois filles (nées en 1866, 1869 et 1876). Léon Gambetta sera parrain de la dernière, Léonie.
Licence en droit (1857)
Licence es sciences naturelles (1860) où il rencontre pour la première fois Claude Bernard, membre de son jury.
Doctorat en médecine (1863)
Doctorat ès sciences naturelles (1866)
Directeur du laboratoire de physiologie de l'EPHE à la Sorbonne de 1871 jusqu'à son décès en 1886. Son laboratoire EPHE est d'abord un laboratoire d'enseignement, puis un laboratoire d'enseignement et de recherche.
1865 : Préparateur dans le laboratoire de Claude Bernard au Collège de France
1866-1867 : Professeur de zoologie à l'université de Bordeaux
1867 : Chargé de cours de physiologie au Muséum National d'Histoire Naturelle
1869 : Titulaire de la chaire de physiologie à la Sorbonne (Université de Paris), où il succède à Claude Bernard. Il occupe cette chaire jusqu'à son décès.
Paul Bert s'engage en politique à partir de 1870, après la défaite contre l'Allemagne.
En 1872, il est élu député de l'Yonne (sa région d'origine), en remplacement de Léopold Javal, décédé, contre Javal fils, ingénieur, médecin, ophtalmologiste et professeur comme lui à l'EPHE. Il conserve ce mandat jusqu'à sa mort. A la chambre, il est rapporteur de la commission sur l'enseignement.
Sous le gouvernement Léon Gambetta, qui dure 73 jours entre novembre 1880 et janvier 1881, Paul Bert est ministre de l'instruction publique et des cultes.
Il fait voter la loi sur l'obligation de créer des écoles normales de garçons et de filles dans chaque département pour former les instituteurs (loi Paul Bert). Il est le promoteur de l'enseignement primaire gratuit, laïque et obligatoire. On lui doit la création du certificat d'études, l'ouverture des lycées et l'accession des jeunes filles à l'éducation secondaire (loi Camille Sée, 1880).
En 1883, Il succède à Léon Gambetta comme président de l'Union Républicaine à l'assemblée nationale.
En 1886, il est nommé Résident général en Annam et au Tonkin et meurt quelques mois après à Hanoï (Vietnam).
Il a des funérailles nationales.
Élève de Claude Bernard, Paul Bert est un grand physiologiste.
Paul Bert fait preuve d'une véritable érudition, touchant à tout : physique, chimie, mécanique, astronomie, géologie, médecine…
Il développe des travaux exceptionnels sur la respiration, les gaz du sang et la pression barométrique, recherches fondamentales qui auront des retombées médicales et industrielles : contrôle de la pressurisation des avions, développement des scaphandres autonomes, développement des caissons hyperbares pour traiter les victimes de l'hyperoxie ou "ivresse des profondeurs" (ou effet Paul Bert). Ses travaux sur les gaz du sang lui permettent de développer un anesthésique, le protoxyde d'azote, très utile pour les opérations chirurgicales.
En 1878, succédant à son maître Claude Bernard, il est élu président perpétuel de la Société de Biologie.
Paul Bert a écrit de nombreux ouvrages scientifiques ainsi que les premiers manuels scientifiques pour l'enseignement primaire.
- De la greffe animale, thèse de médecine, Paris, 1863.
- Recherches expérimentales pour servir à l'histoire de la vitalité propre des tissus animaux, thèse de sciences, Paris, 1866.
- Son ouvrage scientifique majeur est La pression barométrique, recherches de physiologie expérimentale, Paris : Masson, 1878.
- La première année d'enseignement scientifique (sciences naturelles et physiques), Paris : Armand Colin, 1882.
Paul Bert est un grand homme politique. Homme de caractère et de conviction, républicain et libre-penseur, il soutient que le progrès social, économique et industriel repose sur les apports des découvertes scientifiques. Anticlérical, il lutte contre la main mise de l'Église sur l'université et joue un rôle central dans l'édification de l'école républicaine. Il est anticlérical, mais pas antireligieux : c'est à son initiative qu'en 1880 une chaire d'histoire comparée des religions est instituée au Collège de France. Albert Réville occupe cette chaire et devient le premier président de la cinquième section de l'EPHE, créée en 1886.
Membre assidu de la Société d’anthropologie depuis sa création par Paul Broca, Bert est l’un des promoteurs du racisme républicain. Quoique grand promoteur de l’égalité au sein de l’école de la République, il diffuse largement dans ses manuels la notion d’inégalité des races humaines, alors même qu'elle est combattue par des anthropologues contemporains comme Topinard et Manouvrier. Ce paradigme racial républicain, imprégnant des générations d’élèves de 1880 à 1930, marque la colonisation française.
Pierre Huard, L'œuvre scientifique de Paul Bert (communication présentée à la séance du 17 février 1979 de la Société française
d'histoire de la médecine).
Pierre Huard, Paul Bert, homme politique (1833-1886) (communication présentée à la séance du 24 mars 1979 de la Société française
d'histoire de la médecine).
- ÉmileThierry, "Paul Bert", Tonnerre : Typographie et lithographie G Roy, 1887.
- Edgar Berillon, "L'œuvre scientifique de Paul Bert", Paris : Picard-Bernheim, 1887.
- Rémi Dalisson, "Paul Bert, l'inventeur de l'École laïque", Paris : Armand Colin, 2015.