Jean Yoyotte fait sa scolarité à Paris au lycée Henri IV où il rencontre Serge Sauneron, future directeur de l’Institut français d’archéologie orientale, avec lequel il se lie d’une amitié qui se poursuivra jusqu’à la mort accidentelle de S. Sauneron en Égypte en 1976. Il entreprend en parallèle à ses études secondaires l’apprentissage de l’égyptologie, en suivant les cours de J. Vandier à l’École du Louvre, puis de G. Lefebvre, G. Posener à l’EPHE, de P. Lacau et P. Montet au Collège de France. Il obtient une licence d'histoire en 1945. En 1951, il obtient le diplôme de l’EPHE, section des Sciences historiques et philologiques, sous la direction de G. Posener : Le commandement et l'organisation militaire des expéditions à l'extérieur sous l'Ancien Empire Egyptien. En1952, il obtient le diplôme d’études supérieures : Études sur la géographie religieuse du delta occidental - Les journées de prairial vues par la presse révolutionnaire.
Il a été chercheur au CNRS de 1948 à 1952 et de 1957 à 1964. Il a été membre scientifique de l’Institut français d’archéologie orientale du Caire de 1952 à 1957.
Jean Yoyotte a été professeur au Collège de France (chaire d’Égyptologie) de 1991 à 1997.
De 1964 à 1985, Jean Yoyotte a été directeur de la Mission française des fouilles de Tanis en Égypte. Il a participé aux travaux de la Mission archéologique sous-marine d’Alexandrie, dirigée par Fr. Goddio.
Il a été membre de la Société Renan et de la Société française d'égyptologie.
Par son érudition sans faille, son immense curiosité de tout ce qui avait trait à l’Égypte ancienne, Jean Yoyotte a touché à d’innombrables domaines de l’égyptologie. Ses champs de prédilection furent néanmoins la « géographie religieuse » à laquelle il donna un vif essor dans l’égyptologie française, l’histoire trop souvent négligée du Delta du Nil et de ses confins méditerranéens, l’histoire des périodes tardives et en particulier de la « Troisième période intermédiaire », au début du premier millénaire avant notre ère, selon la définition traditionnelle des égyptologues. Sur le terrain, prenant la succession de Pierre Montet, il dirigea pendant deux décennies l’immense chantier de fouilles de Tanis, dans le Delta, nouvelle capitale du pays au début du premier millénaire, renouvelant de manière profonde la problématique de l’histoire du site, en croisant les données archéologiques et historiques.
À des ouvrages de longue haleine, Jean Yoyotte préférait les études – parfois amples elles aussi – sur des points précis d’histoire, de géographie ou de religion dont il traitait tous les aspects pour en tirer la quintessence. Aussi ce n’est qu’en parcourant longuement ses innombrables articles que l’on mesure la portée exceptionnelle de son œuvre et de son héritage, qui ont marqué l’égyptologie.
- sous la dir. de G. Posener, avec S. Sauneron, Dictionnaire de la Civilisation égyptienne, Paris, 1959 (nombreuses réimpressions).
- « Égypte ancienne », dans Histoire Universelle 1. Des origines à l'Islam, Encyclopédie de la Pléiade, Paris, 1959, p. 103-285.
- avec S. Sauneron, « La naissance du monde selon l'Égypte ancienne », dans La naissance du monde (Sources Orientales 1) Paris, 1959, p. 17-91.
- « Les pèlerinages dans l'Égypte ancienne », dans Les pèlerinages (Sources Orientales 3), Paris, 1960, p. 17-87.
- « Les principautés du Delta au temps de l'anarchie libyenne (Études d'histoire politique) », dans Mélanges Maspero I. Orient ancien, 4e fasc. (MIFAO 66), Le Caire, 1960, p. 121-179.
- « L’art égyptien », dans Histoire de l'Art 1. Le Monde non-chrétien, Encyclopédie de la Pléiade, Paris, 1961, p. 93-382.
- « Le jugement des morts dans l'Égypte ancienne », dans Le jugement des morts (Sources Orientales 4), Paris, 1961, p. 15-80.
- Les trésors des Pharaons. Les Hautes Époques. Le Nouvel Empire. Les Basses Époques (Introduction de Christiane Desroches-Noblecourt), « Les Trésors du Monde », Genève, 1968.
- « Religion de l'Égypte ancienne », dans Problèmes et méthodes d'histoire des religions. Mélanges publiés par la Section des Sciences religieuses à l'occasion du centenaire de l'École Pratique des Hautes Études, Paris, 1968, p. 79-85.
- « La pensée préphilosophique en Égypte », dans Histoire de la Philosophie I. Orient - Antiquité - Moyen Âge, Encyclopédie de la Pléiade, Paris, 1969, p. 1-23.
- « Héra d'Héliopolis et le sacrifice humain », AEPHE SR 89 (1981), p. 31-102.
- avec J.-L. de Cenival et al., Tanis, l’Or des Pharaons. Catalogue de l’exposition présentée à Paris (Grand Palais) et Marseille (Vieille Charité), Paris, 1987.
- avec P. Vernus, Les Pharaons, Paris, 1988 (plusieurs réimpressions).
- Strabon, Le voyage en Égypte (Jean Yoyotte, Pascal Charvet et Stéphane Gompertz), Paris, 1997.
- « Pharaonica », dans Fr. Goddio et al., Alexandrie. Les quartiers royaux submergés, Londres, 1998, p. 199-244.
- avec P. Vernus, Bestiaire des pharaons, Paris, 2005.
- Notices et chapitres dans Fr. Goddio (éd.), Trésors engloutis de l’Égypte. Catalogue de l’exposition du Grand Palais, Paris, 9 décembre 2006-16 mars 2007, Paris, 2006, passim (nombreuses éditions en différentes langues).
- Opera selecta. Histoire, géographie et religion de l’Égypte ancienne, Textes édités et indexés par I. Guermeur, Orientalia Lovaniensia Analecta 224, Leuven, 2013.
Ce volume réunit des articles publiés précédemment dans des revues variées, GLECS, Bulletin de la Société Ernest Renan, AEPHE, Ann CdF, etc. et permet ainsi de parcourir aisément une partie importante de l’œuvre de Jean Yoyotte.
Christiane Zivie-Coche, « Nécrologie de Jean Yoyotte (1927-2009) », École pratique des hautes études, Section des sciences religieuses. Annuaire. t. 117, 2008-2009. 2010. p. xxi-xxvii.