Il rentre à l'École normale supérieure en 1944 et obtient l'agrégation de lettres en 1948. Il a été pensionnaire de l'Institut français d'Archéologie de Beyrouth de 1949 à 1952 et a été diplômé de l'EPHE (Ve section) en 1951.
De 1955 à 1956, André Caquot a été directeur d'études de Religions sémitiques comparées à l'EPHE, Ve section.
De 1953 à 1955, il a été membre de la Mission archéologique française en Éthiopie. De 1957 à 1960, il a été chargé de cours d'histoire des religions à la Faculté de théologie protestante de l'Université de Strasbourg et, de 1964 à 1968, chargé de cours d'hébreu et d'histoire de la religion d'Israël à la Sorbonne. De 1972 à 1994, il a enseigné l'hébreu et l'araméen au Collège de France.
André Caquot a été membre et président de la Société asiatique, président de la Société des Études juives, secrétaire général de la Société française d'Histoire des Religions et président de la Société des Études renaniennes. Il a collaboré à la traduction des Psaumes et des Livres de Samuel de la Traduction œcuménique de la Bible.
- "Nouvelles inscriptions araméennes de Hatra", Syria, 1952-1964.
- "Remarques linguistiques", H. Ingholt... Recueil des tessères de Palmyre, 1955.
- "Les monuments recueillis à Maqaullé" (en collab. A. J. Drewes) Annales d'Ethiopie, 1955.
- "Le dieu 'Atgtar et les textes de Ras Shamra", et "Les Rephaïm ougaritiques", Syria, 1958, 1960.
- "Osée et la royauté" RHPR, 1961.
- "Les actes d'Ezrâ de Ginda-Gundê", Annales d'Éthiopie, 1961.
- "Un sacrifice expiatoire à Ras Shamra", RHPR, 1962.
- "Sur l'onomastique religieuse de Palmyre", Syria, 1962.
- "Le dieu Milk 'ashtart et les inscriptions de 'Umm el 'Amed", Semitica, 1965.
- "Une version geez du traité d'Hippolyte de Rome sur l'Antéchrist" et "L'inscription éthiopienne de Marib", Annales d'Éthiopie, 1965.
- "Nouveaux documents ougaritains", Syria, 1969.
- "La religion des anciens Sémites occidentaux" ; "La religion d'Israël, des origines jusqu'à la Captivité de Babylone", Histoire des Religions, I, 1970.
- "Une nouvelle inscription grecque d'Ezanna, roi d'Axoum" (collab. F. Andray et P. Nautin) Journal des Savants, 1970.
- "La seconde tablette en 'petite amulette' d'Arslan Tash", Syria, 1971.
- "Une inscription araméenne d'époque assyrienne", Hommages André Dupont-Sommer, 1971.
- "Le judaïsme depuis la captivité de Babylone jusqu'à la révolte de Bar-Kokheda", Histoire des Religions, II, 1972.
- "Observations sur la première tablette magique d'Arslan Jash", The Gaster Festschrift, 1973.
- Textes ougaritiques. I, Mythes et légendes (collab. avec J. M. de Tarragon et J. C. Cunchillos), 1974-1989.
- "La tablette RS 24.252 et la question des Rephaïm ougaritiques", Syria, 1976.
- "Les inscriptions araméennes de Deir 'Alla" (collab. avec A. Lemaire ; ibid.), 1977.
- "La lettre de la reine Puduhepa" ; "Correspondance de 'Uzzin fils de Bayaya", Ugaritica VII, 1978.
- "Le Rouleau du Temple de Qoumrân", ETR, 1978.
- "Littérature ougaritique", art. Ras Shamra du Supplément au Dictionnaire de la Bible, 1979.
- "Les textes en cunéiformes alphabétiques découverts en 1978 à Ras Ibn Hani" (en collaboration avec P. Bordreuil), Syria, 1980.
- "Rephaïm", SDB, 1985.
- "Le rouleau du Temple" ; "I Hénoch" ; "Jubilis" ; "Martyre d'Isaïe", La Bible. III, Écrits intertestamentaires, 1987.
- "Une homélie éthiopienne attribuée à St Ephrem sur le séjour d'Abraham et Sara en Egypte", Mélanges Antoine Guillaumont, 1988.
- La version arabe de la Bible de Saadya Gaon. L'Ecclésiaste et son commentaire (en collaboration avec H. Zafrani), 1989.
- "Samuel [livres de]" SDB, 1991.
- "Nouveaux fragments de l'Ecrit de Damas", RHPR, 1994.
- "Une contribution ougaritique à la préhistoire du titre divin Shadday", Supplements to Vetus Testamentum, 1995.
- "Les textes de sagesse de Qoumrân", RHPR, 1996.
- "Un exposé polémique de pratiques sectaires : 4Q MMT" (ibid.), 1996.
Annuaire de l'Académie des Inscriptions et Belles-Lettres, sous la direction de J. Leclant, par N. Rousset et R. Cardinaud, 1996, t. I, p. 65-68.